En la madrugada del 7 de julio de 2008, durante las fiestas de San Fermín, Nagore se encontró en la calle con José Yllanes, un residente de psiquiatría al que conocía de vista, ya que Nagore realizaba sus prácticas de enfermería en la misma clínica. Cuando llegaron al domicilio del chico, Nagore quiso marcharse pero éste no le dejó salir. Nagore fue golpeada brutalmente y con las fuerzas muy mermadas, cogió el teléfono y llamó al 112, para pedir ayuda. Apenas tenía fuerzas y su voz resultó inaudible para los servicios de emergencia. Nadie pudo acudir a su rescate y terminó siendo estrangulada por su captor. Yllanes se propuso entonces borrar las huellas del crimen, cargar el cadáver en el maletero de su coche y ocultar el cuerpo en el monte. El cadáver no estuvo escondido mucho tiempo, ya que una mujer que había salido a pasear con sus perros, lo encontró pocas horas después.
José Diego Yllanes fue juzgado por un jurado popular. Todas las acusaciones encabezadas por el propio fiscal pidieron veinte años de prisión por un delito de asesinato. Sin embargo, la defensa consiguió que el jurado considerase que no
había existido alevosía. En una decisión que sorprendió a todos, el jurado decidió tener en cuenta las argumentaciones de la defensa y condenó a Yllanes por homicidio en lugar de asesinato.
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