Amato Yoshi es un maestro de ninjas expulsado del clan del Pie, la escuela ninja más importante del Japón.
Al verse obligado a esconderse de sus enemigos se exila a las alcantarillas de Nueva York donde comparte su vida con las ratas y cuatro tortugas que por accidente cayeron a las cloacas.
Un día una peligrosa sustancia mutante cae a las alcantarillas transformando a las tortugas en medio hombres y al maestro en medio rata.
Nuestros amigos Leonardo, Donatello, Raphael y Michaelangelo buscarán la manera de devolver a la normalidad a su maestro siguiendo la pista de Shreeder el Despedazador quien ha venido a Nueva York obstinado en cumplir sus planes diabólicos.
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